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2、pdb数据库(为什么在uniprot中一个ID会对应到PDB数据库中的多个ID)
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PDB是蛋白质复合物的数据库,一个pdbid往往代表多个蛋白质形成的复合物,或者蛋白质与小分子形成的复合物。而uniprot是蛋白质数据库,一个id就代表一个蛋白质。考虑到一个蛋白质可能与多个其他蛋白或者小分子组合,因此,不同的pdb中会包含相同的蛋白质,也就是说一个uniprotid会对应多个pdbid
蛋白质数据库(ProteinDataBank,PDB是一个生物大分子(如蛋白质和核酸)数据库,内容包括由全世界生物学家和生物化学家上传的蛋白质或核酸的X光晶体衍射或者NMR核磁共振结构数据,这些数据可以通过PBD的会员组织(PDBe,PDBj,RCSB免费获取。PDB是由世界蛋白质数据库(WorldwideProteinDataBank,wwPDB管理。PDB是结构生物学的关键性资源,大部分学术刊物,以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院(NIH],现在都要求科学家将它们研究的蛋白质核酸结构上传到PDB。从PDB的网站上,可以通过蛋白质的编号查找到相应的D结构,并可以将这个结构图下载到电脑中,通过PyMolRasMolChimeraVMDSwiss-PdbViewer等软件查看编辑。从PDB网站上下载的D结构图的后缀名为.pdb。
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